データをダウンロードして保管することはできますか?

はい、一部のデータは手元にダウンロードして保管できます。
ダウンロードして保管できるデータは、以下のとおりです。

課題とコメント(CSV形式)
共有ファイル
Gitリポジトリ
Subversionのリポジトリ

利用しているスペースのデータを保管したい場合は、有料オプションで申し込めます。
各データの具体的なダウンロード手順は、スペースデータのバックアップ(有料オプション)についてを参照してください。